Berdasarkan penelitian dan bukti peninggalan sejarah yang tercatat di pusat arkeologi nasional, Kepulauan Talaud sudah didiami manusia dan mempunyai peradaban yang cukup tinggi sejak 6000 tahun sebelum masehi. Di dalam manuskrip zaman kerajaan Majapahit wilayah ini merupakan bagian dari kerajaan Majapahit yang bernama Udamakatraya. Kepulauan tersebut dalam sebutan lamanya adalah Maleon (Karakelang), Sinduane (Salibabu), Tamarongge (Kabaruan), Batunampato (Kepulauan Nanusa) dan Tinonda adalah Miangas.
Asal usul penduduk Talaud berasal dari tempat lain yang datang melalui lautan, lalu menetap di daerah tersebut, mereka adalah: Ras Apapuang (yang paling awal), Ras yang berasal dari Saranggani, Mindanao Selatan; Ras dari daratan Merano, Mondanao Tengah, Ras dari Kepl. Sulu dan Ras dari Kedatuan Bowentehu + Manado Tua, dimana ras ini berasal dari Molibagu (Bolangitam).
Perdagangan barter dan sistim monopoli perdagangan rempah-rempah oleh negara-negara Eropa telah membentuk koloni-koloni perdagangan, termasuk di wilayah gugusan kepulauan Talaud. Bangsa Eropa yang pertama kali tiba diwilayah ini adalah bangsa Portugis di gantikan oleh Spanyol dan kemudian direbut oleh colonial Belanda. Talaud mempunyai komoditas penting bagi bangsa kolonial, yaitu pala.
Setelah Indonesia merdeka, kehidupan di Kepulauan Nanusa ini tidak banyak berubah. Talaud memiliki stereotype kelemahan klasik sebagaimana daerah pesisir kepulauan di Indonesia lainnya seperti, minimnya sarana infrastruktur, lemahnya SDM dan penyelenggaraan layanan publik, keterbatasan pasokan energi, dan kesulitan memenuhi skala ekonomi optimal karena jarak yang jauh sehingga Talaud terisolir. Sampai saat ini baru dua presiden RI yang pernah datang mengunjungi Talaud, yaitu presiden Suharto dan presiden Abdurrahman Wahid.
Sebagai daerah perbatasan, Talaud mempunyai peran strategis dalam penentuan batas territorial kedaulatan NKRI. Pulau Mianggas sebagai bagian dari gugus kepulauan Talaud terluar menjadi isu perbatasan penting. Sejak dulu pulau Mianggas menjadi rebutan bangsa – bangsa penjajah. Sengketa internasional antara Amerika Serikat dan Hindia Belanda berakhir dengan keputusan bahwa gugus kepulauan Talaud masuk ke dalam wilayah penjajahan Hindia Belanda. Dalam pengadilan Abitrase oleh seorang arbitrator mahkamah international Max Huber, telah ditetapkan dan diputuskan bahwa pulau Miangas adalah bagian dari pulau Talaud karena mereka yang mendiami pulau tersebut adalah berbahasa Talaud dalam pergaulan kehidupan sehari-harinya, yang dahulunya disebut Tinonda, seperti yang terungkap dalam syair lagu daerah Talaud, “Tutamandassa” yang di tulis oleh Johanis Vertinatus Gumolung (alm).
Talaud semenjak dulu dikenal sebagai kepulauan berpanorama indah, subur dan dihuni oleh masyarakat yang ramah dan relijius, sehingga Talaud dijuluki Parodisa yang artinya paradise atau surga. Kepulauan Talaud resmi berdiri pada tanggal 2 Juli 2002, dengan seorang pejabat negara Drs. F. Tumimbang, sebagai pejabat bupati kabupaten Kepulauan Talaud. Undang-undang No. 8 tahun 2002 telah menetapkan sebagai daerah otonom.